После победы над последним Ангелом, у Nerv остался единственный враг — люди под командованием Seele. Впавшему в депрессию нерешительному Синдзи Икари предстоит сделать важный выбор: полностью принять существование человечества или отказаться от человеческой индивидуальности. Параллельно, командующий Nerv Гэндо Икари готовится ...